AI 寫好的檔案去哪了？Claude Code、Codex、Herdr、Cursor 的 Git Worktree 在哪裡

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最近我同時用 Claude Code、Codex、Herdr 和 Cursor 處理同一個專案。為了避免幾個工具直接改到同一份檔案，我把任務分到不同的 Git worktree，有些由工具建立，有些是我手動建立。

回到原本專案後，我用 Cursor 檢查各個任務，卻只看得到自己手動用 git worktree add 建立的那一份。Claude Code 明明回報完成，它建立的 worktree 卻不在我原先以為的位置。Codex CLI 也留有修改紀錄，但後來確認它只會修改啟動時所在的 checkout，不會替我建立 worktree。

我一開始還以為某些任務沒有真的執行。跑過 git worktree list --porcelain 才發現，四個工具處理 worktree 的方式各自不同：有的藏在專案目錄，有的放在家目錄，Codex CLI 則不會替我建立 worktree。

我原本想把四個工具的 worktree 全部放進專案內的 .worktree，實際查過設定後才發現，光靠原生設定做不到。這篇把各工具能改和不能改的地方寫清楚，也記下散落在不同位置的修改該怎麼找回來。

Worktree 為什麼會讓檔案看起來消失

一般切換 Git 分支時，檔案仍在同一個目錄，只是內容換成另一個分支。Worktree 會替同一個 repository 建立另一份 checkout，每份 checkout 都有自己的檔案、HEAD 和 index，但共用 Git 歷史。

AI coding tool 很適合用這種方式隔離任務。一個 agent 改登入功能，另一個 agent 修首頁，兩邊不會直接覆蓋同一個工作目錄。代價是你在主 repo 開著 Cursor 時，看不到其他 worktree 裡尚未合併的檔案。

四個工具預設放在哪裡

Worktree 是 Git 的功能，存放位置則由工具決定。目前這四個工具的預設行為不同：

工具預設位置原生設定能否改位置要注意的地方
Claude Code<repo>/.claude/worktrees/<name>不行沒有 Worktree root 設定
Codex CLI無；CLI 不會自行建立 worktree不行~/.codex/config.toml 沒有 worktree 路徑設定
Herdr~/.herdr/worktrees/<repo>/<branch-slug>可以用 config.toml 修改單一全域 root
Cursor~/.cursor/worktrees/...不行.cursor/worktrees.json 只能設定建立後要執行的命令

原生設定能不能統一目錄

結論是不能。四個工具裡，只有 Herdr 提供直接修改 Worktree root 的設定。Claude Code、Codex CLI 和 Cursor 都沒有對應的原生設定。

下面只保留各工具原生設定能做到的範圍。

Claude Code

修改位置：專案設定檔是 {{ 專案目錄 }}/.claude/settings.json。

怎麼改：Claude Code 沒有可直接指定 Worktree root 的設定鍵，因此無法只修改 settings.json 達成。

備註：--worktree 會使用 .claude/worktrees/<name>，原生設定無法改成其他位置。

Codex CLI

修改位置：Codex CLI 的設定檔是 ~/.codex/config.toml。

怎麼改：config.toml 沒有 Worktree root 設定，Codex CLI 也不會自行建立 worktree，因此無法靠原生設定檔修改位置。

備註：若要在 worktree 裡使用 Codex CLI，必須先由 Git 建立，再用 codex -C "{{ Worktree 絕對路徑 }}" 開啟。這不屬於 Codex 的目錄設定。

Herdr

修改位置：macOS 和 Linux 使用 ~/.config/herdr/config.toml，Windows 使用 %APPDATA%\herdr\config.toml。

怎麼改：在設定檔加入：

[worktrees]
directory = "/Users/yourname/Worktrees/herdr"

備註：Herdr 仍會在這個 root 底下加上 repo 和 branch 目錄，實際路徑會是：

/Users/yourname/Worktrees/herdr/<repo>/<branch-slug>
NOTE — Herdr 使用固定的全域路徑

上面的 /Users/yourname/Worktrees/herdr 是 macOS 範例，實際使用時要換成自己的絕對路徑。Herdr 不會把 {{ 專案目錄 }} 當成變數，也不會依目前開啟的專案自動變換。

Cursor

修改位置：Cursor 的專案設定檔是 .cursor/worktrees.json。

怎麼改：這個檔案沒有 Worktree root 設定，只能設定 worktree 建立後要執行的命令，因此無法靠原生設定檔修改位置。

備註：Cursor 原生建立的 worktree 仍放在 ~/.cursor/worktrees/...。若要使用其他位置，只能先由 Git 手動建立，再用 Cursor 開啟。

找不到檔案時，先問 Git

不管工具把 worktree 放在哪裡，最可靠的查詢入口仍是：

git worktree list --porcelain

輸出可能像這樣：

worktree /Users/me/project
HEAD 1234567
branch refs/heads/main

worktree /Users/me/project/.claude/worktrees/fix-header
HEAD 89abcde
branch refs/heads/worktree-fix-header

worktree /Users/me/project/.worktree/manual-check
HEAD fedcba9
detached

先記下每個 worktree 路徑，再從主 repo 逐一檢查：

WORKTREE_PATH="{{ Worktree 絕對路徑 }}"

# 顯示目前分支，以及已暫存、未暫存和未追蹤檔案的狀態
git -C "$WORKTREE_PATH" status --short --branch

# 列出最近 8 筆 commit，並標出 HEAD、分支和 tag
git -C "$WORKTREE_PATH" log --oneline --decorate -n 8

# 統計尚未暫存的已追蹤檔案修改了哪些檔案和行數
git -C "$WORKTREE_PATH" diff --stat

# 列出未追蹤且沒有被標準 ignore 規則排除的檔案
git -C "$WORKTREE_PATH" ls-files --others --exclude-standard

git -C 不必切換目前所在目錄，較不容易把後續命令跑錯地方。檢查後通常會遇到兩種情況：修改尚未 commit，或成果已經在另一個分支／detached HEAD。

修改還沒 Commit

先不要刪資料夾，也不要執行 git worktree prune。已追蹤檔案可以先輸出成 patch。加上 HEAD 後，已暫存和未暫存的修改都會包含在內：

git -C "$WORKTREE_PATH" diff HEAD --binary > /tmp/agent-worktree.patch

指定要接收成果的 checkout，確認裡面沒有會互相覆蓋的修改，再套用：

TARGET_PATH="{{ 目標 checkout 的絕對路徑 }}"

git -C "$TARGET_PATH" status --short
git -C "$TARGET_PATH" apply /tmp/agent-worktree.patch
git -C "$TARGET_PATH" diff --stat

新檔案不會出現在 git diff 產生的 patch 中，要另外列出：

git -C "$WORKTREE_PATH" ls-files --others --exclude-standard

檢查內容後逐個複製到 $TARGET_PATH。不要用 cp -R 把整個 worktree 蓋回去，裡面還可能有 .git 指向、建置產物和其他不相關檔案。

修改已經 Commit

如果 worktree 有正常分支，先確認分支和 commit：

git -C "$WORKTREE_PATH" branch --show-current
git -C "$WORKTREE_PATH" log --oneline --decorate -n 10

接著指定要接收成果的 checkout，在該目錄執行 merge：

TARGET_PATH="{{ 目標 checkout 的絕對路徑 }}"

git -C "$TARGET_PATH" status --short
git -C "$TARGET_PATH" merge <worktree-branch>

只需要其中一個 commit 時，改用：

git -C "$TARGET_PATH" cherry-pick <commit-hash>

如果某個 worktree 停在 detached HEAD，commit 還在，只是沒有分支名稱指向它。先替目前的 HEAD 建立救援分支：

git -C "$WORKTREE_PATH" branch recover/<task-name> HEAD

請把 <task-name> 換成這次任務的名稱，避免多次救援使用同一個分支名。接著從目標 checkout 檢查差異：

TARGET_PATH="{{ 目標 checkout 的絕對路徑 }}"

git -C "$TARGET_PATH" log --oneline recover/<task-name>
git -C "$TARGET_PATH" diff <target-branch>...recover/<task-name>

確認後再 merge 或 cherry-pick。先建立分支的用意是保住 commit，避免清理 worktree 後只剩一串難找的 hash。

最後才清理

成果已經合併、patch 已保存，且未追蹤檔案也檢查完成後，再移除 worktree：

git worktree remove "{{ Worktree 絕對路徑 }}"

如果資料夾被手動搬過，可先修復 metadata：

git worktree repair "{{ 搬移後的 Worktree 絕對路徑 }}"

只想預覽失效項目時使用：

git worktree prune --dry-run

還在檢查中的 worktree 可以先鎖住：

git worktree lock "{{ Worktree 絕對路徑 }}" \
  --reason "等待人工檢查 AI 工作成果"

我現在遇到「AI 說做完了，主 repo 卻沒有檔案」時，會先跑 git worktree list --porcelain。看到實際路徑後，再判斷要存 patch、建立救援分支，或只是開錯資料夾。確認成果回到目標分支後，才清理 worktree。

參考文件

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